Еще в XIX веке болотная черепаха была многочисленным видом во многих местах своего ареала. Но позднее она постепенно исчезла из многих районов, освоенных человеком. Болотная черепаха стала редкой в густонаселенных областях Западной Европы. Высокая численность популяций черепах сохраняется в низовьях крупных рек Средиземноморья, Черноморья и Прикаспия. В сухих степях Прикаспия деятельность человека благоприятствует процветанию этого вида — болотная черепаха широко расселяется по ирригационным сооружениям (арыкам, каналам, водохранилищам).
В России болотная черепаха является нередким видом, образующим в южных районах популяции с высокой плотностью, в то время как в северных районах её численность сокращается. В Европе болотная черепаха исчезла из многих частей своего ареала. Основной причиной исчезновения в странах Европы является уничтожение местообитаний из-за осушения мелких водоёмов, изменения русла рек, мелиорации болот.
В некоторых областях болотная черепаха испытывает конкуренцию со стороны завезённого североамериканского вида пресноводных черепах — красноухой черепахи (Trachemys scripta elegans).
Болотная черепаха встречается на территории многих заповедников. Включена в приложение II Бернской Конвенции, а также в список МСОП (категория низкого риска). Охраняется во многих странах Европы. Вид занесен в Красные книги Белоруссии, Латвии, Литвы и Армении. В Красных книгах бывшего СССР, России и других республик не значится.
